La domanda può essere rifiutata per:

Mancanza del modello
L'obbligo di presentare la domanda di iscrizione o deposito tramite gli appositi modelli approvati con decreto del Ministro dell'Industria è stabilito dal Regolamento di attuazione (DPR 581/95) agli artt. 11(Procedimento di iscrizione su domanda), 14 (Procedimento di deposito) e 18 (procedimento di iscrizione nelle sezioni speciali).
Per "mancanza" si intende
- assoluta mancanza del modello (come si verifica a volte nel caso di domande inoltrate per posta)
- utilizzo di un modello differente da quello previsto dal decreto ministeriale di approvazione della modulistica e dalle relative istruzioni.
Unica eccezione è la compilazione del Modello S2 in luogo del Modello S3 nel caso di sostituzione del liquidatore: in tale ipotesi la domanda deve essere accettata, richiedendo la regolarizzazione tramite presentazione del modello S3.

Mancanza di firma autografa
Al momento della presentazione, la domanda deve risultare sottoscritta (art. 2189 c.c., c1 e artt. 11, c.1, 14 c. 1, art.18, c.1 del DPR 581/95).
Però, prima di procedere all'iscrizione, l'Ufficio deve accertare l'autenticità della sottoscrizione (sempre in base a disposizioni del Regolamento di Attuazione).
La mancanza di firma è motivo di non accettazione della domanda, mentre la mancanza della copia del documento di identità è motivo di sospeso.

Si è posto a volte il problema se la domanda possa essere accettata quando è presentata da soggetti diversi da quelli obbligati o da soggetti che non risultino avere un legame con la società o l'imprenditore. La gestione è diversa a seconda delle differenti ipotesi, tra le quali quelle più ricorrenti nell'esperienza concreta sono:

1. domande sottoscritte da amministratori in luogo di sindaci o viceversa (es. comunicazioni di cessazione): la domanda va accettata, avvertendo il presentatore (e indicandolo nella ricevuta) che sarà soggetta a provvedimento motivato di rifiuto ;
2. domande sottoscritte da soggetti legittimati che non risultano però in carica in base alle risultanze dell'archivio informatico consultabile al momento dell'accettazione: poiché l'archivio informatizzato Registro delle Imprese può essere incompleto, la domanda va accettata ma devono essere effettuati ulteriori controlli tramite archivio ottico e/o consultazione dei fascicoli RD/Tribunale; se l'esito di tali controlli è negativo, la domanda va sospesa, richiedendo chiarimenti;
3. domande sottoscritte da soggetti che, pur dichiarando di agire per conto della società o dell'imprenditore, non hanno potere di rappresentanza e non possono comunque sottoscrivere la domanda (es. impiegato, commesso, fattorino, ecc.): la domanda non può essere accettata.

Mancanza dell'atto
In tutti i casi nei quali la domanda di iscrizione o di deposito deve essere corredata del relativo atto, la mancanza di quest'ultimo impedisce l'accettazione della domanda stessa.
L'atto deve essere allegato nella forma prevista nelle varie ipotesi.
L'atto è da ritenersi mancante anche quando presentato in fotocopia.
Unica eccezione è l'atto di nomina di amministratori e/o sindaci, presentato insieme alla richiesta di iscrizione della nomina stessa e/o alla comunicazione di nomina (per i sindaci). In tale ipotesi infatti il deposito dell'atto è necessario al fine di verificare la veridicità della nomina, ma l'adempimento principale è l'accettazione di carica e/o la comunicazione di nomina dei sindaci ed è a tali adempimenti e non al deposito del verbale che è relativo il termine di 15 giorni previsto dal codice civile

Mancanza del codice fiscale
Se il codice fiscale del soggetto a cui si riferisce la posizione Registro Imprese (attribuita o da attribuire) non è indicato nella domanda, è necessario effettuare il controllo con l'apposita Banca dati del Ministero delle Finanze.
Solo nel caso in cui neanche a seguito di tale controllo è possibile individuare il codice fiscale, la domanda deve essere respinta.